在大多数情况下，袋式除尘器都处于负压下工作。对于常规除尘系统，选用中、高压风机为动力，除尘器工作压力约为5-7kPa;对于高压风机或罗茨风机为动力的系统，除尘器工作压力接近风机的全压。袋式除尘器的设计应使箱体能够承受的负压不小于系统风机全压的1.2倍。
在另一些系统中，袋式除尘器位于风机出口段，在正压下工作。该类除尘器有两种结构：
1. 净化后的气体直接从箱体排放，壳体承受微正压并主要起遮风挡雨的作用，结构较为简易。
2. 箱体需承受一定正压，因而需设计成严密的耐压结构，净气从烟囱排放。
有的袋式除尘器作为生产工艺设备而运行，在高正压下工作。高炉煤气袋式除尘器工作压力为0.1-0.25MPa；而在水煤气净化系统中，袋式除尘器的工作压力可达1-4MPa,在此类场合，除尘器箱体必须采用圆筒形结构，按压力容器设计。
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