脉冲仓顶除尘器可采用在线清灰两种方法。在线清灰是指在进行脉冲喷吹时，滤袋仍然进行烟气过滤。喷吹系统需要采用比较高的喷吹气流阻挡过滤烟气，同时用瞬间的脉冲震荡使尘层剥落进入灰斗。在线清灰除尘器内部是一个大空间静态气室，气流分布比较均匀，使滤料所承受的过滤负荷变化不太大，这样可延长滤袋使用寿命。
离线清灰系统需要把除尘器内部区分成若干个密封袋室，每个袋室的花板上出气口独立安装关断阀、气缸和电磁阀等压缩气控制系统。在对每个袋室进行脉冲清灰喷吹前，需要首先控制挡板使这个袋室不再进行烟气过滤。因此，离线清灰机构比较复杂，而且带有关断阀门，所以离线清灰除尘器的造价与维护量相对来说比在线清灰除尘器稍高。
事实上，应该根据烟气性质和工艺要求，灵活选用在线或离线的清灰系统设计。在一些特殊工艺比如垃圾焚烧等，其烟气性质，不容易结成饼块，有效清灰也比较困难。采用离线清灰方法可减低“二次扬尘”，使清灰阶段更加彻底，达到降低设备阻力的效果。
但另一方面，离线清灰除尘器完成一个袋室的清灰后，此袋室的滤袋阻力将比其他正在过滤的气室滤袋阻力低。这时候打开关断阀门，袋室内滤袋将承受很高的过滤负荷，导致滤料的负荷变化循环太高，这样也会缩短滤料使用寿命。而在线清灰每次只是降低一行滤袋的阻力，除尘器内部的其他众多数量的滤袋仍然会连续进行过滤工作，这样对刚喷吹后的滤袋所承受的过滤负荷变化相对来说比较温和。因此，如果除尘器的处理风量较小，内部结构不能区分为4-10个或更多的袋室数量，则不宜采用离线清灰。对于大型除尘器内部的烟气移动速度即过滤风速一般都在1.5m/min以下，相对比较除尘器的入口浓度而言，“二次扬尘”并不是一种非常严重的现象。宜采用离线清灰。两种清灰方法中，对中小型除尘器机组采用在线清灰和定时或压差脉冲控制来保证除尘器阻力更为可行。
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